Panta Rhei  is een scholengemeenschap met een eigen stichtingsbestuur op bijzonder neutrale of algemeen bijzondere grondslag. Het bestuur is het bevoegd gezag van de school. Haar hoofdtaak is het houden van toezicht op de directie.

De directie bestaat uit drie leden. Hun taak is het vaststellen van beleid en het leiden van de organisatie. De algemeen directeur is tevens lid van het bestuur en is daarmee een schakel tussen bestuur en directie. Voor de dagelijkse leiding zijn vijf teamleiders verantwoordelijk, vier voor de onderwijsteams en een teamleider voor IT-zaken. Directie en teamleiders vormen samen het management van de school.

De school is verdeeld in vier onderwijsteams die elk verantwoordelijk zijn voor het onderwijs aan een bepaalde groep leerlingen. Daarnaast is er een IT-team. Elk team wordt geleid door een teamleider. 

Elk onderwijsteam heeft een eigen leerlingbegeleider. De zorgcoördinator is verantwoordelijk voor hulp waarbij externen nodig zijn. Voor hulp bij leerachterstanden is er een remedial teacher. De decaan helpt, in samenwerking met de mentoren, leerlingen bij het kiezen van een verdere loopbaan.