Op Panta Rhei bestaan de lessen uit een aantal leseenheden. Een leseenheid is een periode van 30 minuten. Een les duurt meestal 60 minuten. Lessen waar leerlingen vooral praktisch bezig zijn, duren meestal 90 of 120 minuten.

Door het gebruik van leseenheden wordt het rooster flexibeler. Zo doen wij ons uiterste best om tussenuren en lange dagen te vermijden.

De lessen van de onderbouw beginnen een kwartier eerder dan die van de bovenbouw. Hierdoor zijn de pauzes van de onder- en bovenbouw verschillend, waardoor het voor leerlingen en personeel kleinschalig blijft.